Am Neujahrstag sendet der Bayerische Rundfunk im Hörfunkprogramm Bayern I das Zwölfuhrläuten aus Adlkofen. Als einzige Kirche im Bistum Regensburg hat sie den Apostel Thomas als Patron.

Von der romanischen Kirche hat sich der Unterbau des Turmes erhalten. Der Grabstein von Pastor Karol hinter dem Eingang links verweist auf dessen Todesjahr 1356. Ein weiterer Gedenkstein ist in die Mauer vor dem Sakristeieingang eingelassen. Er erinnert an Pfarrer Albert Schurzgerber, der 1408 verstarb. Möglicherweise war er der Erbauer der gotischen Kirche. Ins ausgehende 15. Jahrhundert ist der Taufstein zu datieren. Das barocke Gotteshaus entstand 1722 bis 1724 nach den Plänen des Landshuter Hofmaurermeisters Johann Georg Hirschstetter. Das Langhaus gliederte er in vier Joche. Durch die Rundbogenfenster und die Okuli im Obergaden ist der Innenraum lichtdurchflutet. Der Hochaltar kam nach 1724 in die Kirche.

Die Figuren St. Sebastian und St. Josef entstanden in der Bildhauerwerkstätte Wagner in Landau. Die Bilder auf den Seitenaltären wurden von Josef Abfalter aus Landshut gemalt. Er hat sich im dortigen Magdalenenheim selbst portraitiert. Sein bekanntestes Altarblatt hängt in Alt-St. Margret in Landshut: Maria als Beschützerin der Hofmark Achdorf. 1814 hat der Burghausener Maler Clemens della Croce ein neues Hochaltarbild geschaffen: Der Apostel Thomas begegnet dem Auferstandenen. Die Orgel von 1983 kam aus der Werkstätte Ismayr in Weiden. Bei der Renovierung 2012 schuf der Künstler Franz Steinberger einen Zelebrationsaltar und den Ambo aus Kalkstein. Das fünfstimmige Geläute kam 1964 aus der Gießerei Perner in Passau. Die Thomasglocke stiftete die Gemeinde, zwei Wohltäter sponserten die Antonius- und Franz Xaver-Glocke. Dazu gesellen sich noch die Marienglocke und die Arme-Seelen-Glocke.